特定の使徒のみでプレイすると何か支障はありますか？

特定の使徒のみをプレイされても問題はありません。
しかし、魔法レベルは各使徒のレベルに依存するため、各使徒のレベルを上げないと魔法レベルも上がりません。

なお、使徒ごとに装備できる武器が違うため、強い武器を入手しても使っている使徒で装備できないこともあります。