アプリを再インストールしたら、入手した秘宝石は消えてしまいますか？

セーブデータと連携しているニンテンドーアカウントで引き継ぎ操作を行っていただければ、消えることはありません。
連携手順については以下をご確認ください。

ニンテンドーアカウントの連携方法

なお、ニンテンドーアカウントと連携していなかった場合は、秘宝石は消えてしまうためご注意ください。